序章：泰晤士河畔的隐秘

游戏从一颗钻石的盗窃案开始，内森·德雷克和苏利文在伦敦的博物馆中寻找一条失落的轮船航线。一场激烈的追逐战后，他们逃脱了警方的追捕，并获得了一张通往失落船只的线索。

第一章：前往印度西部

内森和苏利文前往印度西部，寻找失落的城市哈普拉，据信那里藏着通往沉船的宝藏。他们穿越危险的丛林，与当地武装分子交战，并解开了古代谜题，最终找到了这座被遗忘的城市。

第二章：哈普拉的宝藏

在哈普拉，内森和苏利文找到了沉船的线索，但他们发现这个线索已经被一位竞争对手的寻宝者，玛拉·菲斯克偷走了。他们必须追逐玛拉，取回线索，并前往通往沉船的下一个目的地。

第三章：阿拉伯海域

内森和苏利文乘坐一艘船前往阿拉伯海，追踪玛拉。他们在海上遭遇了风暴、海盗袭击和沉船的残骸，最终在一条沉没的货船上找到了玛拉。经过一场激烈的战斗，他们夺回了线索并继续前往沉船。

第四章：圣克里斯托弗

内森和苏利文抵达了沉船所在地的圣克里斯托弗岛。这座岛屿被一个雇佣军组织所占领，他们也正在寻找沉船的宝藏。内森和苏利文必须潜入岛屿，躲避雇佣军，并找到通往沉船的入口。

第五章：发现沉船

内森和苏利文通过一个隐藏的隧道进入沉船，并开始探索船舱。他们发现了船长日志，揭示了沉船背后隐藏着一个惊天阴谋。他们还需要面对危险的陷阱、水下生物和雇佣军的威胁。

第六章：最后的对抗

在沉船的深处，内森和苏利文与玛拉·菲斯克及其雇佣兵团伙进行最后对抗。他们揭露了玛拉背叛背后的阴谋，并与她展开了一场激烈的决战。最终，内森和苏利文击败了玛拉，夺回了沉船宝藏。

第七章：归途

内森和苏利文带着沉船宝藏回到伦敦，将所发现的阴谋公之于众。玛拉被绳之以法，而内森和苏利文则继续寻找新的冒险，为他们传奇般的寻宝生涯增添新的篇章。