第一章：非洲的危机

生化危机5的故事发生在2009年的非洲大陆。一名名为克里斯·雷德菲尔德的特工被派往调查一起恐怖袭击事件，该事件导致了生化武器的使用。克里斯与他的新搭档谢娃·阿拉姆合作，他们发现袭击是由一个名为三光会的神秘组织策划的。

克里斯和谢娃追踪三光会，发现他们正在研制一种名为“Uroboros”的病毒。这种病毒能够将人类变成可怕的生物，并威胁着消灭整个世界。克里斯和谢娃与三光会的成员展开了一场激烈的战斗，试图阻止他们释放病毒。

第二章：揭露三光会的秘密

克里斯和谢娃深入调查三光会，了解到该组织的领导人是奥斯维尔·E·斯宾塞。斯宾塞是一个腐败的亿万富翁，他认为人类需要被进化，而病毒就是他实现这一目标的手段。

克里斯和谢娃与斯宾塞的私人军队作战，他们发现斯宾塞已经释放了病毒，导致了大规模的感染。克里斯和谢娃必须与时间赛跑，找到阻止病毒传播的方法，并击败斯宾塞。

第三章：最后的决战

克里斯和谢娃追踪斯宾塞到他的位于非洲的心脏地带的堡垒。堡垒是三光会的最后一个据点，也是病毒被释放的地方。克里斯和谢娃与斯宾塞及其手下展开了最后的激战。

在战斗中，克里斯和谢娃发现了斯宾塞是一个感染了Uroboros病毒的怪物。克里斯和谢娃使用他们的特殊武器对抗斯宾塞，最终将他击败。随着斯宾塞的死亡，三光会瓦解，病毒的威胁也被阻止。

结局：希望与重建

克里斯和谢娃击败了斯宾塞，阻止了病毒的传播，但他们知道感染仍在继续。他们回到生物恐怖主义安全评估联盟（BSAA），继续打击生物武器和恐怖主义。

生化危机5以克里斯和谢娃在非洲大陆重建希望和重建一个更美好的未来的场景结束。