序章：菲因城之难
游戏开场于菲因城，四位主角弗里奥尼尔、玛丽亚、盖伊和里昂哈特在此相遇，小镇却突遭帝国军袭击。主角们与帝国军奋力抵抗，最终不敌，弗里奥尼尔身负重伤昏迷不醒。
第一章：帕拉米西亚城之行
玛丽亚带着昏迷的弗里奥尼尔前往帕拉米西亚城寻求救治，在疗养期间结识了医师明伍。
盖伊和里昂哈特潜入帕拉米西亚城盗取生命之水，途中遭受埋伏，盖伊被俘，里昂哈特逃脱。
第二章：米西迪亚洞穴的试炼
玛丽亚为寻找治愈弗里奥尼尔的方法，前往米西迪亚洞穴，接受贤者塞拉的试炼，最终获得白魔法。
里昂哈特得知盖伊被囚禁于米西迪亚洞穴，赶来营救，与玛丽亚汇合。
第三章：菲因城的复仇
主角们返回菲因城，与帝国军展开报仇之战，杀害了帝国将领加拉夫并夺回菲因城。
加拉夫临死前透露，皇帝马修斯其实是帝国开国皇帝弗里奥尼尔之父，而弗里奥尼尔则是马修斯的弟弟。
第四章：杰斯特港的决斗
得知真相后，主角们前往杰斯特港寻找马修斯，途中遭遇帝国军将领杰克斯，与之决斗。
在杰克斯的帮助下，主角们潜入帝国要塞，与马修斯展开对峙。
第五章：法布尔城之役
主角们在法布尔城与帝国军展开决战，解放了法布尔城并获得了帝国的飞船。
然而，弗里奥尼尔在战斗中受了致命伤，在临终前将皇帝之位传给了里昂哈特。
第六章：帕拉米西亚城之战
主角们驾驶飞船前往帕拉米西亚城，与帝国军展开最后的决战。
玛丽亚使用白魔法净化马修斯心中的邪恶，最终击败了皇帝，推翻了帝国的统治。
尾声：菲因城的和平
帝国覆灭后，菲因城恢复了和平，主角们各自踏上了新的旅途。
里昂哈特成为了菲因城的国王，玛丽亚投身于白魔法的研究，盖伊继续他的冒险，而明伍则守护着菲因城的安宁。