序幕：坠落泰坦星
在广阔的宇宙中，一艘名为“阿特拉斯”的星际飞船载着主人公从休眠舱中醒来。主人公发现自己处于一颗未知星球泰坦星上，飞船损毁，迫切需要资源来修复它。
探索泰坦星，主人公遇到了外星生物，并收集了基本的生存资源，如铁和锌。在此过程中，主人公发现了失落的日志，其中提到了一个古老的种族——阿特拉斯人，以及他们失落的知识。
追寻阿特拉斯
为了修复“阿特拉斯”号，主人公需要寻找阿特拉斯人的遗迹。探索其他星球，主人公发现了一系列神秘的符号，这些符号指向了阿特拉斯人的远古神殿。
参观这些神殿，主人公了解到阿特拉斯人是一个先进的文明，他们掌握着穿越星系的知识。然而，他们的文明突然崩溃，留下了许多未解之谜。
与外星人结盟
在旅途中，主人公遇到了各种外星种族，包括好客的基特人、好战的维因人，以及神秘的古维克人。通过与这些种族的互动，主人公建立了联盟，获得了他们对阿特拉斯人秘密的见解。
从基特人那里，主人公了解了阿特拉斯的导航数据；从维因人那里，主人公获得了反抗星际强盗的战斗技巧；从古维克人那里，主人公接触到了古老的知识和心灵感应能力。
星球探索
除了追寻阿特拉斯的秘密外，主人公还花了很多时间探索无人深空的广阔行星系统。每个星球都拥有独特的生物群落、地貌和资源。
主人公发现了繁茂的丛林、荒凉的沙漠、冰冷的苔原和神秘的外星球。随着探索的深入，主人公发现了隐藏的洞穴、地外车库和古代遗迹，进一步揭示了宇宙的奥秘。
与神祇的接触
在接近旅途的尾声时，主人公遇到了宇宙中强大的神祇——阿特拉斯。阿特拉斯向主人公揭示了宇宙的真正本质，并赋予了主人公穿越星系的无限力量。
主人公获得了成为星际探险家和宇宙守卫者的使命。随着《无人深空》的进行，主人公的旅程将继续，探索宇宙的深处，并揭示其无穷无尽的秘密。