在完成一周目和二周目剧情后，玩家将开启三周目剧情。在三周目开场，玩家将回到丰缘地区。此时，盖欧卡和固拉多已经平静下来，返还了大海和陆地的力量。玩家需要前往海洋博物馆寻找大吾，了解三周目剧情的概要。
海底潜入队在得知陨石即将坠落丰缘地区后，玩家需要组建一支海底潜入队，前往海底调查坠落的陨石。这支队伍包括大吾、凯那和莉莉艾。潜入队将使用大吾研制的潜艇，深入海底探索。玩家需要解决海底遇到的各种难题和危机，最终抵达陨石坠落地点。
# 海底危机在海底潜入过程中，玩家将遭遇各种危机。包括来自深海的水压、强大的海流和海底地震等。此外，玩家还将遭遇来自深海的宝可梦和未知生物的袭击。玩家需要驾驶潜艇，灵活应对这些危机，保证潜入队的安全。
陨石的研究当潜入队抵达陨石坠落地点后，他们将对陨石进行研究。玩家将发现陨石上蕴藏着强大的能量，并且里面似乎隐藏着某种未知的生物。潜入队需要破解陨石的秘密，查明陨石坠落的真相。玩家将与大吾和凯那合作，使用各种仪器对陨石进行分析。
# 陨石中的秘密经过研究，玩家发现陨石中蕴藏着一种强大的能量，这种能量与传说中的神兽代欧奇希斯有关。此外，玩家还发现陨石中有一个时空扭曲点，可以连接其他平行世界。玩家需要进入时空扭曲点，探索其他平行世界的秘密，了解陨石坠落背后的真相。
平行世界的冒险通过时空扭曲点，玩家将进入一个与丰缘地区完全不同的平行世界。在这个平行世界中，玩家将遇到不同的训练家、宝可梦和事件。玩家需要探索这个平行世界，寻找有关陨石坠落的线索，了解陨石坠落的真正原因。
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