仙剑5前传的故事发生在《仙剑奇侠传五》之前，讲述了姜云凡、瑕、夏侯瑾轩、小蛮和唐雨柔五位主角的冒险之旅。
序幕游戏开始于姜云凡和瑕在姜家村的生活。一天，姜家村遭到魔教袭击，云凡和瑕被迫逃离村子。在逃亡途中，他们遇到了夏侯瑾轩，三人结伴而行。
第一回合三人来到余杭，遇到了小蛮和小蛮的姐姐唐雨柔。小蛮被魔教教主附身，失去了意识。云凡等人为了救治小蛮，决定前往蓬莱仙岛寻找解药。
第二回合来到蓬莱仙岛后，云凡等人遇到了蜀山派掌门清微真人。清微真人告知他们，解药在蓬莱仙岛的禁地中。云凡等人历经艰险，终于取得了解药，救治了小蛮。
第三回合回到余杭后，云凡等人发现魔教教主已经控制了余杭县。云凡等人与魔教教主展开激战，最终打败了魔教教主，拯救了余杭县。
第四回合打败魔教教主后，云凡等人得知魔教教主背后的真正主使是邪剑仙。邪剑仙是一个拥有强大妖力的邪恶妖怪，他打算利用魔教教主的力量统治人间。
第五回合云凡等人为了阻止邪剑仙，决定前往蜀山派求助。在蜀山派，云凡等人得到了清微真人的帮助，并得知邪剑仙的弱点。云凡等人历经艰险，最终打败了邪剑仙，拯救了人间。
尾声打败邪剑仙后，云凡等人回到姜家村，过上了平静的生活。若干年后，云凡和瑕结为夫妻，生下了一个儿子，取名为姜承。