二周目的
全新挑战
二周目加入了全新的逆战模式，玩家需要面对来自不同世代的神秘训练家，包括赤红、绿叶、金银主角和艾莉丝等，击败他们可以获得丰厚的奖励。
二周目解锁的宝可梦
神兽解锁
完成二周目剧情后，玩家可以捕获传说中的宝可梦奈克洛兹玛以及其融合形态曙光形态和黄昏形态。
二周目变更的机制
特性变更
某些宝可梦的特性在二周目中会发生改变，例如皮卡丘的特性将从静电变为避雷针，为玩家提供新的战术选择。
二周目新增的道具
Z扩充
二周目新增了新的Z招式和对应的Z纯晶，使玩家可以创造出更强大的绝招组合。
二周目补充说明
注意等级上限
二周目中，宝可梦的等级上限提高到100级，玩家需要做好准备迎接更强劲的对手。
二周目挑战提示
强化队伍
建议玩家在二周目开始前提升团队的等级和技能，以应对更具挑战性的敌人。
二周目注意事项
无法返回一周目
一旦玩家开始二周目，就无法再返回一周目，因此请在开始前做好充分的准备。